Rstudio Server para múltiples usuarios con Docker

Rstudio Server con docker

Iniciamos el servicio de docker

sudo systemctl start docker

Rstudio es uno de los mejores IAE - Integrated análisis environment, si acabo de inventar el término. Es un placer trabajar con esta herramienta, es muy liviana y muy sencilla de instalar, de hecho una vez instalado es portable, yo suelo tener en un pendrive un Rstudio + R y tenerlo a mano por cualquier cosa. Como si fuera poco es multiplataforma.

Primero que nada, hay que notar la diferencia entre imagen y contenedor, cuando haces algo como esto:

docker run rocker/tidyverse

Lo que hace docker es: (1) crear un contenedor que no es más que una instancia de la imagen rocker/tidyverse (2) Inicia dicho contenedor. En la práctica lo que vamos a intentar hacer es crear un contenedor especial que ajustaremos a nuestras necesidades y luego simplemente iniciaremos dicho contenedor.

A partir de aquí trabajaremos por línea de comando, a modo de prueba de concepto usaré un usuario común, la maquina virtual funcionará perfectamente siempre que usemos el mismo usuario para crearla, crear las carpetas iniciales e iniciarla.

1. Configuración del entorno en la maquina física

Para cualquiera de lo usuarios que vayamos a crear en nuestra maquina virtual, necesitaremos una carpeta personal para cada uno, en ellos no solo se salvarán las configuraciones personales, sino que también se alojara cualquier paquete adicional que el usuario instale. Por lo que mínimamente necesitaremos una carpeta home general y obviamente que este fuera del ámbito del contenedor, para que los cambios sean persistentes. Podemos hacer esto:

mkdir ~/rstudio_home

2. Creamos el contenedor

Ahora sí crearemos nuestra real maquina virtual, la imagen rocker/tidyverse requiere que definamos un usuario inicial, el puerto y asimismo, necesitaremos definir un volumen para el home de cualquier usuario

docker run -d -p 8787:8787 -e USER=rstudio -e PASSWORD=rstudio --name rstudio-server -v ~/rstudio_home:/home rocker/tidyverse

Detalle:

• -d: Se ejecuta el contenedor en background
• -p 8787:8787: mapeamos el port externo 8787 con el mismo port interno
• -e USER=rstudio -e PASSWORD=rstudio nuestro usuario y password inicial

• --name rstudio-server: Queremos seguir usando el contenedor, por lo que le daremos un nombre

• -v ~/rstudio_home:/home: Mapeamos la carpeta que acabamos de crear al home de la maquina virtual.

Si esto funcionó correctamente, se habrá impreso por terminal el ID de este nuevo contenedor, y se habrá iniciado el mismo. Podemos verificarlo accediendo mediante el navegador a http://localhost:8787/, nos debiera aparecer la página de login, dónde podremos ingresar el hasta ahora único usuario que tenemos. También podremos verificar la existencia de este contenedor mediante docker container ls y a partir de ahora nos olvidamos de la imagen y trabajaremos con este contenedor, por ejemplo para detenerlo docker container stop rstudio-server, para iniciarlo docker container start rstudio-server, o incluso removerlo docker container rm rstudio-server.

3. Agregar usuarios

En la práctica, nuestra maquina o contenedor, está corriendo un Linux muy básico y una instancia de Rstudio Server, este último define sus usuarios a partir de los usuarios del sistema operativo, por lo que para conseguir más usuarios deberemos simplemente “entrar” al Linux del contenedor y darlos de alta.

Vamos a abrir una terminal pero en nuestro rstudio-server:

docker exec -it rstudio-server bash

Esto abrirá un bash dentro de nuestro contenedor, nos daremos cuenta por que seguramente habrá cambiado nuestro prompt por algo así:

root@38645db9730e:/#

Y ahora, para crear un usuario nuevo, simplemente haremos algo así:

root@096cb40493d3:/# adduser usuario1 --gid 1000
Adding user `usuario1' ...
Adding new user `usuario1' (1001) with group `rstudio' ...
Creating home directory `/home/usuario1' ...
Copying files from `/etc/skel' ...
New password:
Retype new password:
passwd: password updated successfully
Changing the user information for usuario1
Enter the new value, or press ENTER for the default
	Full Name []: Usuario 1
	Room Number []:
	Work Phone []:
	Home Phone []:
	Other []:
Is the information correct? [Y/n] Y
root@096cb40493d3:/#

El comando adduser usuario1 --gid 1000 dará de alta un nuevo usuario con dicho nombre y nos solicitará una serie de datos (El --gid 1000 es para que pertenezcan al mismo grupo del Rstudio Server), luego de completarlos habremos creado un nuevo usuario. Con este procedimiento podremos crear los tantos como vayamos a necesitar, francamente desconozco si Rstudio Server, en particular esta versión Open Source, impone algún limite. F3inalmente para salir: exit.

Podremos verificar que se hayan creado las carpetas de cada usuario, revisando nuestro rstudio_home:

|---> # ls -l  ~/rstudio_home/
total 16
drwxr-xr-x 2 xxxxxxxx yyyyyyyy 4096 jul 24 23:26 usuario1
drwxr-xr-x 2     1002 yyyyyyyy 4096 jul 24 23:27 usuario2
drwxr-xr-x 2     1003 yyyyyyyy 4096 jul 24 23:34 usuario3
drwxr-xr-x 2     1004 yyyyyyyy 4096 jul 24 23:34 usuario4

Notarás que hay una nueva carpeta por cada usuario que has creado, en ella seguramente hay un directorio R dónde van a parar todos los paquetes que cada usuario descargue. Lo otro que vas a notar, son usuarios y grupos “extraños” o “inconsistentes”, lo que ocurre e que estás carpetas se han creado con ids de usuarios y grupos propios de la maquina virtual y que no tienen un concordancia con los usuarios y grupos reales del sistema host. Esto no debería traer dificultades a la maquina virtual, pero sí alguna molestia en el host. El tema permisos lo dejo afuera de mi respuesta pero es algo que sin duda deberías profundizar, o más bien aquel que se encargue de administrar el sistema. Aquí hay información interesante para consultar.

A partir de este momento, recuerda detener el contenedor cuando apaguen el servidor:

docker container stop rstudio-server

O volverlo a iniciar en cualquier momento

docker container start rstudio-server

Cada usuario debería poder ingresar a la url ttp://ip-del-servidor:8787 y logearse con los datos que le hemos asignado a cada uno, crear y salvar archivos persistentes y descargar e instalar paquetes propios de su login.